Поиск модифицированы файлов за последние сутки.
find /wwwroot/*/www -mtime -1 -type f
Можно добавить в cron или periodic для ежедневного аудита.
5 0 * * * root find /wwwroot/*/www -mtime 1 | mailx -s "File change report" root @ example.com /dev/null 2>&1